增值稅發(fā)票系統(tǒng)2.0版集成了稅控系統(tǒng)、電子底賬系統(tǒng)及綜合服務平臺(包括稅務版和企業(yè)版)，優(yōu)化升級了原增值稅發(fā)票選擇確認平臺和發(fā)票查驗平臺，為納稅人提供了增值稅發(fā)票的網(wǎng)上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、進項發(fā)票查詢、成品油消費稅管理和進銷項發(fā)票下載等功能。增值稅發(fā)票綜合服務平臺(企業(yè)版)是現(xiàn)有增值稅發(fā)票選擇確認平臺的升級版，在原有基礎(chǔ)上進行了功能的完善和風格的優(yōu)化，可以為納稅人提供增值稅發(fā)票網(wǎng)上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、成品油消費稅管理、進銷項發(fā)票查詢和下載等功能。增值稅發(fā)票綜合服務平臺(企業(yè)版)上線運行后，原增值稅發(fā)票選擇確認平臺不再使用。增值稅綜合服務平臺作為增值稅發(fā)票管理系統(tǒng)2.0版重要組成部分，其新增功能及優(yōu)化之處為：抵扣勾選增加確認簽名、注銷勾選、回退稅款所屬期、異常發(fā)票查詢等功能，抵扣勾選可根據(jù)實際情況調(diào)整有效抵扣稅額或不抵扣。

　　特別注意所有發(fā)票均需確認用途后再進行勾選：可勾選的發(fā)票類型為：增值稅專用發(fā)票、機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票、增值稅電子普通發(fā)票(通行費)。發(fā)票用途包括：用于申報抵扣或不抵扣、用于出口退稅和代辦退稅，三項用途相互獨立、同一份發(fā)票只能選擇其中一項用途。此外，掃描認證的發(fā)票默認用途為申報抵扣，納稅人也可根據(jù)實際情況調(diào)整有效抵扣稅額。

　　抵扣勾選增加確認簽名操作

　　優(yōu)化后的抵扣勾選流程為：勾選可抵扣發(fā)票、申請統(tǒng)計、查詢統(tǒng)計表、確認簽名，以上步驟完成后即可進行增值稅申報。納稅人可根據(jù)需要在確認簽名之前撤銷勾選，重新確認用途后再次勾選。