高新技術企業(yè)認定程序如下：
(一)企業(yè)申請
企業(yè)對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”注冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料：
1. 高新技術企業(yè)認定申請書;
2. 證明企業(yè)依法成立的相關注冊登記證件;
3. 知識產(chǎn)權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉(zhuǎn)化、研究開發(fā)的組織管理等相關材料;
4. 企業(yè)高新技術產(chǎn)品(服務)的關鍵技術和技術指標、生產(chǎn)批文、認證認可和相關資質(zhì)證書、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告等相關材料;
5. 企業(yè)職工和科技人員情況說明材料;
6. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構出具的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術產(chǎn)品(服務)收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料;
7. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書);
8. 近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表。
(二)專家評審
認定機構應在符合評審要求的專家中，隨機抽取組成專家組。專家組對企業(yè)申報材料進行評審，提出評審意見。
(三)審查認定
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業(yè)進行綜合審查，提出認定意見并報領導小組辦公室。認定企業(yè)由領導小組辦公室在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公示10個工作日，無異議的，予以備案，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公告，由認定機構向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術企業(yè)證書”;有異議的，由認定機構進行核實處理。
四、后續(xù)申報
企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，應每年5月底前在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。
五、涉密管理
對于涉密企業(yè)，按照國家有關保密工作規(guī)定，在確保涉密信息安全的前提下，按認定工作程序組織認定。
六、隨機抽查
科技部、財政部、稅務總局建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業(yè)認定管理工作的監(jiān)督檢查。對存在問題的認定機構提出整改意見并限期改正，問題嚴重的給予通報批評，逾期不改的暫停其認定管理工作。
七、復核
對已認定的高新技術企業(yè)，有關部門在日常管理過程中發(fā)現(xiàn)其不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業(yè)資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優(yōu)惠。
八、變更
高新技術企業(yè)發(fā)生更名或與認定條件有關的重大變化(如分立、合并、重組以及經(jīng)營業(yè)務發(fā)生變化等)應在三個月內(nèi)向認定機構報告。經(jīng)認定機構審核符合認定條件的，其高新技術企業(yè)資格不變，對于企業(yè)更名的，重新核發(fā)認定證書，編號與有效期不變;不符合認定條件的，自更名或條件變化年度起取消其高新技術企業(yè)資格。
九、跨區(qū)遷移
跨認定機構管理區(qū)域整體遷移的高新技術企業(yè)，在其高新技術企業(yè)資格有效期內(nèi)完成遷移的，其資格繼續(xù)有效;跨認定機構管理區(qū)域部分搬遷的，由遷入地認定機構按照本辦法重新認定。
十、取消資格
已認定的高新技術企業(yè)有下列行為之一的，由認定機構取消其高新技術企業(yè)資格：
(一)在申請認定過程中存在嚴重弄虛作假行為的;
(二)發(fā)生重大安全、重大質(zhì)量事故或有嚴重環(huán)境違法行為的;
(三)未按期報告與認定條件有關重大變化情況，或累計兩年未填報年度發(fā)展情況報表的。
對被取消高新技術企業(yè)資格的企業(yè)，由認定機構通知稅務機關按《稅收征管法》及有關規(guī)定，追繳其自發(fā)生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠。
申請高新技術企業(yè)認證需要什么條件
1、公司成立滿一年以上的。
2、在中國境內(nèi)(不含港、澳、臺地區(qū))注冊的企業(yè)，近三年內(nèi)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產(chǎn)品(服務)的核心技術擁有自主知識產(chǎn)權。
3、產(chǎn)品(服務)屬于《國家重點支持的高新技術領域》規(guī)定的范圍。
4、具有大學?？埔陨蠈W歷的科技人員占企業(yè)當年職工總數(shù)的30%以上，其中研發(fā)人員占企業(yè)當年職工總數(shù)的10%以上。
5、企業(yè)為獲得科學技術(不包括人文、社會科學)新知識，創(chuàng)造性運用科學技術新知識，或?qū)嵸|(zhì)性改進技術、產(chǎn)品(服務)而持續(xù)進行了研究開發(fā)活動，且近三個會計年度的研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：
(1)最近一年銷售收入小于5，000萬元的企業(yè)，比例不低于5%;
(2)最近一年銷售收入在5，000萬元至20，000萬元的企業(yè)，比例不低于4%;
(3)最近一年銷售收入在20，000萬元以上的企業(yè)，比例不低于3%。
其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%。企業(yè)注冊成立時間不足三年的，按實際經(jīng)營年限計算;
6、高新技術產(chǎn)品(服務)收入占企業(yè)當年總收入的60%以上。
7、企業(yè)研究開發(fā)組織管理水平、科技成果轉(zhuǎn)化能力、自主知識產(chǎn)權數(shù)量、銷售與總資產(chǎn)成長性等指標符合《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》(另行制定)的要求。
8、企業(yè)申請認定前一年內(nèi)未發(fā)生重大安全、重大質(zhì)量事故或嚴重環(huán)境違法行為。
